Kenyota, ha lavorato per oltre 25 anni al Common Market for Eastern and Southern Africa (COMESA), di cui è stato Segretario generale per 10 anni. Dal 2008 è Vice Presidente della Commissione dell’Unione Africana. In questa posizione, si è impegnato in modo particolare sul rafforzamento del sistema istituzionale dell’UA e sul sostegno all’agenda per lo sviluppo del continente africano, promuovendo, tra l’altro, il Comprehensive Africa Agricultural Development Program